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Entre sus muchas aportaciones a la medicina moderna, propuso el término sinovial (el líquido sinovial es el que lubrica las articulaciones); estudió y descubrió las características de muchas enfermedades (sífilis y bocio entre otras), sirviéndose para combatirlas tanto del azufre como del mercurio; introdujo en la práctica médica el uso del láudano. Así mismo, se le atribuye la paternidad del término Espagiria. Se puede afirmar que Paracelso fue un precursor de la homeopatía, pues aseguraba que «lo parejo cura lo parejo» y en esa teoría fundamentaba la fabricación de sus medicinas. De todos modos, lo más importante para él era el orden cósmico. La doctrina del Astrum in corpore es su idea más representativa a ese respecto. Fiel a la concepción del hombre como microcosmos, puso el firmamento en el cuerpo del hombre y lo designó como Astrum o Sydus.
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